Российские ученые совместно с зарубежными коллегами впервые в мире раскрыли и исследовали структуру белка-родопсина KR2 в физиологических условиях. Эта пионерская работа сулит новый прорыв в одной из самых актуальных биомедицинских дисциплин — оптогенетике — и таких ее практических применениях, как лечение широко распространенных неврологических заболеваний. Работа ученых опубликована в журнале Science Advances.
Оптогенетика — новейшая биофизическая и биомедицинская дисциплина, изучающая возможности и практики управления нервными и мышечными клетками живого организма при помощи направленного воздействия световым излучением. Методы оптогенетики уже сегодня позволяют частично восстанавливать потерянные зрение и слух, управлять сокращением мышц при потере контроля над ними в результате неврологических заболеваний. Но главное — эти методы дают возможность глубокого изучения сетей нейронов, которые отвечают за наши эмоции, принятие решений и другие фундаментальные процессы в живых организмах.
Несколько лет назад в клеточной мембране морской бактерии Krokinobacter eikastus был обнаружен новый, ранее неизвестный тип транспортера ионов — белок-родопсин, получивший название KR2. Он относится к группе светочувствительных белков, которые как раз и использует оптогенетика. Под воздействием света подобные белки позволяют заряженным частицам — ионам — проникать в клетку или выходить из нее. Внедрив такие транспортеры ионов в нейронную мембрану, ученые получают возможность при помощи направленных световых импульсов влиять на потенциал клеточной мембраны нейронов, контролируя их активность.
KR2 оказался способным целенаправленно выводить из клетки конкретный вид ионов — ионы натрия. Он «выкачивает» их из клетки, а не пропускает в обе стороны. Соответственно, KR2 именуют «насосом». К тому же его мутантные формы способны качать сквозь клеточную мембрану ионы не только натрия, но и калия. Встраивание KR2 в клеточную мембрану нейронов теоретически могло бы обеспечить возможность полного контроля за активностью нервных клеток.
Но волна исследований, порожденная открытием нового «насоса», столкнулась и с некоторыми весьма загадочными свойствами родопсина. В частности, оказалось, что несколько групп исследователей в ходе своей работы обнаружили и описали в общей сложности целых пять отличающихся друг от друга структур многообещающего белка. Примечательно, что в части этих структур пять молекул белка были организованы в устойчивый пентамер, в то время как в оставшихся присутствовали только мономеры белка.
«Перед учеными встал драматический вопрос: а какую же из этих структур считать правильной? — рассказывает один из основных авторов работы, аспирант МФТИ Кирилл Ковалев. — Вообще говоря, все найденные структуры оказались довольно схожими, но ведь дьявол в деталях: именно от них зависят возможности применения вновь открытого объекта в научной и клинической практике».
И вот в результате работы группы ученых во главе с физтехами выяснилось происхождение пугающего многообразия структур нового белка. Оно оказалась порождено тем, что разные группы исследователей изучали KR2 в не полностью одинаковых условиях. Между тем обладающий уникальными свойствами белок синтезируется организмом бактерии, обитающей в океане при очень специальных параметрах окружающей среды: ее окружает водная толща со строго определенной концентрацией соли, кислотностью, водородным показателем pH. Именно и только при этих условиях белок делает то, чего от него ждут ученые, — качает ионы натрия, формируя при этом пентамеры в мембране клеток.
«Мы впервые смоделировали так называемые физиологические условия существования и работы KR2 и в результате описали «правильную» структуру нового белка, которая возникает при надлежащих свойствах окружающей среды. Мы показали, что функциональной единицей белка является именно пентамер, — поясняет Валентин Горделий, руководитель Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний в МФТИ и в Институте структурной биологии в Гренобле. — Заодно удалось объяснить, из-за чего возникли серьезные погрешности в прежних многочисленных исследованиях структуры объекта».
Специалисты считают, что знание подлинной структуры революционного для оптогенетики родопсина KR2 в физиологических условиях не только является фундаментальным для понимания механизма работы белка, но и открывает множество новых грандиозных возможностей для изучения работы нервной системы живых организмов, моделирования новых инструментов оптогенетики и их применения в медицинской практике.
Источник: https://indicator.ru/news/2019/04/25/podlinnaya-struktura-rodopsina-kr2/
